Kota Roma yang dulu sangat besar, kini tinggal puing. Kota itu penuh dengan kerusakan dan kebusukan. Penduduknya hidup di dalam bayang-bayang keluarga Borgia yang kejam. Hanya satu orang yang bisa membebaskan rakyat Roma dari cengkeraman keluarga Borgia yang tiran. Orang itu adalah Ezio Auditore, Master Assassin. Petualangan Ezio akan menguji batas kemampuannya. Cesare Borgia, pria yang lebih jahat dan berbahaya daripada ayahnya, sang Paus, tidak akan berhenti hingga seluruh Italia berada dalam genggamannya. Dalam masa yang penuh pengkhianatan itu, konspirasi ada di mana-mana, bahkan di dalam tubuh Persaudaraan Assassin sendiri.