Raja Iblis Ziggy bergerak di belakang layar untuk mendapatkan Aoi Cosmos, sementara Shura memanfaatkan aksi tersebut untuk menyingkirkan Nero, ayahnya . Perang besar Aoi tempat bercampurnya berbagai ambisi, melibatkan banyak pihak, dan menimbulkan kehancuran di mana-mana itu pun akhirnya usai dengan runtuhnya kekaisaran. Meskipun banyak nyawa juga berguguran bersama cahaya Shiki dan lainnya pun lagi-lagi terpukul karena kehilangan anggota keluarga yang tak tergantikan. Tapi, di saat yang sama mereka juga bersumpah akan mengalahkan Ziggy, dalang dari semua ancaman itu. Sampailah kisah ini di satu titik balik besar, dan perjalanan Edens Zero berlanjut ke ruang dan waktu yang baru