Identitas pesantren, pada awal perkembangannya, merupakan sebuah institusi pendidikan dan penyiaran agama Islam. Dari sisi sejarah, pesantren tidak hanya mengandung makna ke-Islam-an, tetapi juga keaslian (indegenous) Indonesia. Dari sisi tujuan, pada mulanya, pesantren bertujuan menyiapkan santri menjadi kader-kader ulama dan kiai melalui pendalaman dan penguasaan ilmu agama (tafaqquh fiddin). Selain itu, juga sebagai lembaga dakwah dan benteng pertahanan umat di bidang ahlak.Seiring perkembangan zaman, pesantren juga menemukan dinamisasinya. Jika sebelumnya hanya berkonsentrasi pada pengajian kitab kuning dan ibadah ritual yang fiqh oriented, kini pesantren juga menjadi lembaga sosial yang mengemban fungsi-fungsi kemasyarakatan bagi komunitas sekitarnya.