Para peneliti dan ahli Jawa seperti Clifford Geertz dan mantan isterinya, Hildred Geertz, lalu John Pemberton, Niels Mulder,Mark R. Woodward, dan Robert W.Hefner--tak satupun di antara mereka--berbicara masyarakat Jawa Pesisiran. Jika menyentuh, seperti yang dilakukan Denys Lombard,hanya dilakukan sepintas kilas. Begitu pula,para ahli Indonesia,Koentjaraningrat,Sartono Kartodirdjo, dan Umar Kayam misalnya.Mereka lebih banyak bicara tentang Jawa,tetapi Jawa Pedalaman dan Mancanegari -- Jawa dalam budaya priyayi dan budaya petani. Mereka tidak menyentuh secara baik budaya Jawa Pesisiran.Padahal Jawa Pesisiran merupakan lokus pengembangan peradaban Islam yang secara umum menandai lslam Santri. Mudjahirin Thohir, nampaknya sadar betul akan elan-vita/ masyarakat dan budaya Jawa Pesisiran ini. Buku Orang Islam Jawa Pesisiran ini merupakan karya hasil disertasi antropologi. Buku ini mengupas secara detail tentang agama, budaya, politik, dan ekonomi orang Jawa Pesisir berdasarkan pendekatan kualitatif dan dalam perspektif emik. Karena itu, buku ini tergolong kepustakaan yang amat langka. Seperti buku-buku karyanya yang lain, buku ini juga ditulis secara tajam, stilis, dan argument.