Salah satu pesan langit yang kerap dikemukakan oleh Kiai Ali Yafie, dan boleh dikatakan merupakan titik tolak dalam melihat realitas kehidupan sehari-hari adalah tentang kedudukan manusia. Dia meyakini bahwa manusia yang punya kedudukan yang lebih tinggi dari makhluk lainnya sebagai khalifah. Yakni wakil atau duta Tuhan di bumi, sebagai pengemban amanah untuk mengelola bumi. Jadi, seharusnya manusia memosisikan dirinya di tengah-tengah alam sebagai makhluk yang terhormat dan bermartabat. Dan dengan statusnya sebagai khalifah itu, manusia memikul tugas mewujudkan keselamatan, kedamaian dan kesejahteraan atau salam. Baik dalam kehidupan pribadi maupun kehidupan masyarakatnya.