Bangunan menara kembar yang membanggakan tingginya, yaitu 319 dan 294 meter baru saja didirikan di kota Nishitama. Saat melihat-lihat gedung itu sebelum dibuka resmi, Conan melihat mobil yang digunakan oleh pria berjubah hitam. Dan lagi pada akhir pekan itu, dua orang yang bersangkutan dengan gedung tersebut dibunuh secara beruntun. Di sisi lain, Profesor Agasa menyadari bahwa Haibara diam-diam menelepon di tengah malam. Apakah serangkaian kasus ini adalah ulah pria berjubah hitam? Siapa yang ditelepon Haibara? Conan yang menyelidiki teka-teki ini terjebak di gedung pencakar langit tanpa ada jalan keluar, dan berada dalam kondisi terjepit! Profesor Agasa (Kenichi Ogota) mengajak Conan (Minami Takayama), Ai (Megumi Hayshibara), Mitsuhiko (Ikue Ohtani), Genta (Wataru Takagi) dan Ayumi (Yukiko Iwai) untuk melakukan camping di pinggiran kota Tokyo. Saat melintas jalan tol, para grup detektif melihat pemandangan sebuauh Menara kembar baru yang sangat megah bernama Nishitamashi Twin Tower yang dimiliki oleh Tokiwa Group. Mereka berkunjung karena diundang oleh pemilik Gedung sekaligus pemimpin Tokiwa Group bernama Mio Tokiwa (Toshiko Fujita) yang adalah teman kampus Kogoro. Mereka pun naik ke sebuah elevator VIP yang mampu meraih lantai 75 tempat persiapan pembukaan Gedung Nishitamashi diadakan. Namun sebelum acara dimulai, kasus mulai bermunculan, dimulai dari Iwamatsu Oki yang dibunuh di apartemennya sendiri. Conan yang mengetahui hal tersebut lantas mulai melakukan investigasi sendiri bersama dengan para anggota grup detektif cilik kecuali Ai. Mereka mendatangi kediaman Housi Kisaragai, Hedihiko Kazama dan Yoshiko Ara.