Conan dan lainnya berpartisipasi dalam pelayaran perdana kapal pesiar Aphrodite. Pada saat pesta makan malam, mereka berkenalan dengan sang perancang kapal tersebut, Minako Akiyoshi, serta seorang penulis skenario, Hironari Kusaka. Keesokan harinya, terjadi kasus pembunuhan saat Conan, Ran, Sonoko, dan yang lainnya sedang bermain petak umpet! Direktur perusahaan pemilik kapal Aphrodite terbunuh di kamarnya, sementara direktur utama grupnya yang adalah ayahnya ditemukan sebagai jasad. Conan dan yang lainnya berhasil memojokkan sang pelaku, tetapi bom yang sudah dipasangnya meledak! Apa yang akan dilakukan Conan begitu dia tahu kalau Ran masih tertinggal di dalam kapal yang sebentar lagi tenggelam itu!?