Otonomi daerah sebagai perwujudan desentralisasi membawa konsekuensi konflik vertikal maupun konflik horizontal berdampak terhadap lambatnya pembagunan daerah, konektivitas antarwilayah, pelayanan publik dan menurunnya kepercayaan rakyat. Konflik vertikal disebabkan masing-masing pihak tidak memahami posisinya dan tidak efektifnya kewenangan konskuren yang diberikan kepada pemerintah provinsi maupun daerah otonom, perebutan kewenangan dalam memperebutkan sumber-sumber ekonomi lintas batas. Sedangkan konflik horizontal elite politik daerah baik formal maupun informal tidak memahami posisinya, lebih menonjolkan etnosentrisme, egoisme, perebutan kekuasaan, ketamakan dan keserakahan terhadap kekuasaan dan materi tanpa melihat kepentingan yang lebih luas. Dalam kerangka resolusi konflik vertikal maupun horizontal diperlukan intervensi dalam bentuk regulasi dan kelembagaan agar pihak-pihak berkonlik bekerja sama, berinteraksi dan berkomunikasi dengan prinsip kemitraan dan keseimbangan.