Sejak terjadinya reformasi di tahun 1998, tonggak sejarah baru dalam perjalanan ketatanegaraan Indonesia seolah dimulai dari awal. Dari tahun 1999 sampai dengan 2002, UUD 1945 telah mengalami perubahan mendasar sebanyak empat kali. Dalam rangka perubahan pertama sampai perubahan keempat UUD 1945, Indonesia telah mengadopsikan prinsip-prinsip baru dalam sistem ketatanegaraan, mulai dari pemisahan kekuasaan dan check balances sampai dengan penyelesaian 'konflik politik' melalui jalur hukum. Melalui perubahan UUD 1945, MPR telah mendekonstruksi diri menjadi lembaga DPR dan DPD yang hampir mirip dengan model parlemen bikameral. Di samping itu, telah lahir lembaga baru yang bernama Mahkamah Konstitusi dan Komisi Yudisial. Selain itu, juga telah lahir lembaga-lembaga negara independen yang kewenangannya berdasarkan perintah Undang-Undang Dasar, undang-undang, dan bahkan terdapat lembaga kewenangannya berasal dari keputusan presiden belaka.